Der Züchter und Namensgeber der Sorte, Hermann Müller, führte 1882 die Kreuzung in Geisenheim durch. Der Sortenname entstand erst 1913, nachdem Müller aus dem Thurgau stammte und später an der schweizerischen Versuchsanstalt in Wädenswil tätig war. Die wahren Elternteile traten erst durch eine Genanalyse zu Tage. Nicht Silvaner sondern die Tafeltraube Madeleine Royale waren mit Weißen Riesling die Kreuzungspartner. In Deutschland gab es 1938 die ersten Versuchsberichte. Zur gleichen Zeit sammelten in Südtirol von 1928 bis 1932 in Südtirol 6 Betriebe erste Erfahrungen darunter am Pacherhof in Neustift.
Erst nach dem Krieg fasste die Sorte Fuß in Deutschland. So erklomm sie in den Jahren 1975 bis 1995 den ersten Platz im dortigen Rebsortenspiegel. Mit einen Höchstwert von 25.000 Hektar, der sich inzwischen auf derzeitigen 12.600 Hektar verringerte. Weltweit zählt die Sorte noch 23.000 ha. Ungarn (2200 ha), Tschechien (2100 ha), Österreich(1700 ha), Slowakei (1500 ha), Italien (1300 ha, Trentino allein 943 ha), Schweiz (500 ha) haben noch größere Produktionen.
In Südtirol begann die Sorte mit dem Weinbauförderungsprogramm des Eisacktales seit den 50ger Jahre bekannt zu werden. 1960 standen bereits 8 ha im Eisacktal. Inzwischen findet sich Müller Thurgau in allen höheren Lagen unserer Weinbaugebiete. Von den 196 Hektaren sind nur noch 40% im Eisacktal anzutreffen. In diesem Weinbaugebiet geht die Anbaufläche leicht zurück (derzeit 81 ha). Zur Erzeugung frischer Weine gehört die Sorte infolge ihrer Frühreife in nicht zu warme Standorte.
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